主条目：拳皇系列角色列表
系列中，《拳皇'94》独立成章“KOF序章”（KOF开幕编），草薙流古武术传人草薙京(Kyo Kusanagi)与爱出风头的二阶堂红丸(Benimaru Nikaido)、以及柔道奥运金牌得主大门五郎(Goro Daimon)组成队伍出战“拳皇”大会。主办者路卡尔(Rugal)其中爱好是收藏铜像，会将其击败的对手铸造铜像并收藏。路卡尔从大赛中吸引高手，然后亦想利用他的身体来铸造铜像，最后他们在路卡尔的基地，京粉碎了路卡尔的野心及计划，路卡尔则按下启动器令基地毁灭并失去了踪影。
《拳皇'95》至《拳皇'97》为“大蛇篇”（オロチ编），主角同样为草薙京。事件源于大蛇一族意图复活他们的主、地球的意志之一“大蛇”，并令世界毁灭。路卡尔在背后再次举办拳皇大赛，主角草薙京与两名好友二阶堂红丸及大门五郎再度组队参赛，另一位三神器后代的八神家年轻当家八神庵(Iori Yagami)组织了劲敌队参赛。路卡尔在赛事中使用了大蛇之力，最后因力量失控自取灭亡。其后，最后一位三神器后代的神乐家年轻女当家神乐千鹤(Chizuru Kagura)被人控制举办了拳皇大赛，大赛完结后，八神庵因大蛇力量首次暴走，在无意识下重创了自己的队员。大蛇(Orochi)逐渐重生，最终由草薙京、八神庵、神乐千鹤三位三神器的后代成功合力封印了大蛇，大蛇篇故事至此暂告一段落。
《拳皇'99》至《拳皇2001》为“音巢篇(N.E.S.T.S.篇)”（ネスツ编），主角为被组织NESTS改造而失去了所有记忆的K'（K Dash），这个神秘组织不断进行人体改造实验及捕获了草薙京进行生化克隆人实验。主角K'为了追寻自己的过去，决定背叛组织并参加组织举办的拳皇大赛。大赛结束后，意图背叛组织并利用组织兵器控制世界使用音巢对流拳武术的复制零(Cloned Zero)现身，K'等人阻止并击败复制零，成功解救一次危机，复制零则被组织以背叛之罪处决。之后，NESTS因为首脑之子伊格尼斯（Igniz）的篡位而令组织逐步走向灭亡。专门为克制K'所研究的女改造人绰号库拉(Kula Diamond)亦开始思考自己过去，最后决定与其队友们背叛组织。众人遇上认为能够主宰世界、使用音巢对流拳武术的伊格尼斯，他意图利用太空基地达到想随意控制世界，最终由K'及库拉等人合力击倒。伊格尼斯因与事愿违，决定留下跟NESTS太空基地一同毁灭。
《拳皇2003》、《拳皇XI》和《拳皇XIII》为“艾森篇”（アッシュ编），这次故事主角为背景完全神秘及操作著翠炎的艾森‧古立逊（Ash Crimson）。“遥远彼之地”的成员无界(Mukai)现身，并声明要解封大蛇，神乐、草薙京、八神庵两人阻止失手，艾森偷走八尺之镜后消失。其后，遥远彼之地成员紫苑(Shion)及祸忌(Magaki)进一步解封大蛇，被艾森等人击败。这时八神因大蛇力量暴走，重创了京及真吾(Shingo Yabuki)二人。不久，艾森反常地击败暴走八神庵，并且夺去八神庵的神器八尺琼勾玉，并宣称有意在下次大赛之时会夺走草薙京的三神器草薙之剑。其后，大赛由路卡尔之女儿萝丝·班舒泰尔(Rose Bernstein)举办，目的是利用大赛实践计划复活遥远彼之地之主，并且令斋祀(Saiki Crimson)自己的家族得以复活及令其馀人类消失。最终，艾森打败了斋祀，道出自己是为了令斋祀确信，所以才夺走了两个神器获取其信任。正当艾森眼见斋祀身体没反应之际，斋祀透过残留在艾森体内的冥炎的个人意识发动了冥炎之气令到艾森反被力量吞噬，艾森用自我意志成功摆脱控制，但自己亦跟著消失。
《拳皇XIV》为KOF新篇、系列新章、官方暂无任何正式篇章名称，现时暂定以“KOF新篇”（KOF新编）作为称呼。本作追加新篇章关键人物、操作神秘鬼影能量的中国少年-瞬影(Shun'Ei)，与其师傅及师弟组队参赛新一次KOF大赛。其师傅为桃李满门的唐福禄(Tung Fu Ru)，屡次参赛的有名格斗家-饿狼队的泰瑞·柏格(Terry Bogard)、南镇队的基斯·哈瓦特(Geese Howard)也是他的徒弟之一。听从师传建议，与其师弟明天君(Meteikun)及师传本人参赛增广见识。本作举办者为对外称首任冠军的安东诺夫(Antonov)，他举办赛事的本意为找寻众多格斗家聚首比拼，并且与胜出的格斗家对垒，如战胜了他就可以夺走身上的拳皇冠军腰带作为胜出奖励及荣誉。于大赛末段安东诺夫被胜出的参赛队伍打败后天色突然变幻，疑为灵魂能量集合体的威尔斯（Verse）出现并且毁坏了本次大会主场地，而威尔斯伴随各灵魂能量的出现导致瞬影与其产生能量上的“共呜”，令瞬影感到晕眩及后出现短时间昏迷失去反应。随着众人击倒威尔斯，令威尔斯出现力量失控奔向天空，然后直接从能量爆炸自身意志消失于空中，其能量分散在世界各地，在赛后由各方有意人士追踪情况。